律师解析：
农村合作医疗的生效时间是从办理参保手续的第二年的1月1日起至该年度的12月31日止。农村合作医疗制度，是中国农村社会通过集体和个人集资，用以为农村居民提供低费的医疗保健服务的一种互助互济制度。
【法律依据】：
《中华人民共和国社会保险法》 第二十 符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。